本研究部門ではナノテクノロジー、ナノ加工、およびシステム化技術に関する分野横断型の総合的な研究、ナノ機能工学を日本の学術基盤の発展と産業技術への応用を強力に推進する基盤技術としてとらえ、分野・業種を超えた異分野融合のための新たな情報発信・交流拠点を構築することでナノ機能工学の体系化を目指しています。ナノテクノロジー関連の研究活動をさらに高度化するため、（１）ナノスケールで構造化された構造化機能ナノ材料の合成、計測、分析する基盤技術、および（２）構造化機能ナノ材料を高次構造化してナノシステムを実現するためのナノ加工および融合技術、に関する2つの研究グループを構成し、両者の連携により、社会に還元できるイノベーションの創出を推進します。また、ナノテクノロジー技術支援・産官学交流の推進のため、学際融合教育研究推進センター・ナノテクノロジーハブ拠点ユニットと連携して、微細加工・微細構造解析技術の深化を学術面から支援しています。